[alvic]

Если параметры звука не совпадут то тоже будут проблемы, поэтому вариант с отрезанием начального куска и менее геморройный, что не нужно об этом заботиться.
Скриптами я не пользовался, имею просто набор параметров обработки.
Но я думаю в этом случае он не поможет - потому как все равно придется каждый раз заново устанавливать нужный кодек и битрейт.

Если исходники одной серии, скорее всего у людей постоянный набор параметров, ибо производство поточное, поэтому можно попробовать создать несколько вариантов твоих заставок и автоматизировать процесс например таким образом - создать в дабе параметры обработки (файл VirtualDub.jobs) сохранить его и подменять оригинал, когда понадобиться. Потребуется только, чтоб у файлов, которые ты обрабатываешь были одинаковые имена.