Любая винда кладет свой начальный загрузчик на первую доступную партицию (т.н. диск С
. Для систем 2К* там должно быть: ntldr, NTDETECT.COM, boot.ini - минимальный набор. В boot.ini прописано, откуда грузятся разные винды. Описание этого файла - в хелпе. От диалога о загрузке в винде отказываться не советую - легко запороть все диски (система с последнего диска все равно будет лезть за конфигом на первую доступную партицию).