например. на php нельзя быстро сделать интерфейс, даже используя всеми уважаемый zend studio. а скажем как получить доступ к странице из php?
работа с web-services опять же сущий гемор даже на php5, на .NET куда проще и понятнее.
mysql 3.23.x (да и 4) до сих пор не умеет нормально работать даже с foreign keys.
надо сначала завести индекс на колонку, потом добавить constraint, потом лезть в документацию и искать где и что поддерживается.
в 3.23.58 например нету при update каскадного обновления, по-крайней мере у меня не получилось.
проблемы с большими таблицами innoDB. попробуй агрегатную функцию на таблице innoDB, которая целиком не умещается в память.
нету хранимых процедур, udf, rules, триггеров, курсоров, поддержки xml и т.д.
старая песня, но до сих пор этого нету.
и таких вот "мелочей" набереться довольно много. все это незаметно, когда "лабаешь" какой-нибудь небольшой сайт, но как только ставят серьезную задачу, то...
цена. опять же - обман. сложи стоимость всех средств от сторонних производителей+хостинг+оклад программистов и т.д. и выйдет все это в копеечку, а будет ли все это "хозяйство" удобнее скажем VS.NET(где все интегрировано) - врядли...
версии.
попробуйте заставить своего хостера установить скажем php5 или последнюю версию mysql. к тому же все это постоянно "в разработке" и нужно все время иметь свежие версии...
интеграция.
нету на сегодняшний день единого удобного инструмента для разработки под эту платформу. понятно что можно все через консоль, но долго, нудно и неудобно - на мой взгляд...
и так можно писать довольно долго.
p.s. ой, забыл про *nix написать
за меня это уже сделали:
http://unixsucks.com/ - имхо, весьма убедительно