Первым делом, надо заиметь вторую партицию (раздел, partition). Ясное дело, форматированный в фэт32
Затем берем установочный диск (или прям с жесткого) и запускаем программу установки Win98. При установке выбираем пунктик "Установить в другую папку" (или как он там называется...). Вводим - D:\Windows. Всё. Идём пить чаи.
В конечном итоге у тебя появится меню загрузчика, в котором будет два пункта - WinXP и Win98.
За меню отвечает BOOT.INI.
П.С. А вообще я как-то давно с дури забил две ОС на один раздел. Конфликтов не очень много было, честно скажу.