Можно генерить необходимые md5 хеши и записывать их в .htpasswd простым скриптом:
PHP код:
<?php
if (isset($login) and $login != "" and isset($pass) and $pass != ""):
$file = fopen(".htpasswd","a");
$p = md5($pass);
$res=$login.":".$p;
fputs($file,$res);
?>
Полезная ссылка:
http://www.php.net/manual/en/function.md5.php/