И все будет хорошо!!!
З.Ы. Просто там стоит два пункта загрузки - XPюша оставила загрузчик старой форточки. Кому они не нужны - сносят старую винду до установки новой, кому нужен больший геморрой - делают как ты, а потом удаляют строку загрузки в boot.ini и загрузочные файлы старой оси( насколько я понимаю - Win9X - в принципе их можешь не удалять, не существует некое ограничение на количество файлов в одной директории, хотя я не думаю, что оно тебя затронет).