Для создания "мягких" ссылок на папки из ком. строки есть утилита от мелкомягких linkd.exe (входила в какой-то резкит). Для создания "жёстких" ссылок на файлы можно использовать fsutil.exe входящюю в ХР. Это, так сказать, штатные средства.
А ещё ФАР-коммандер создаёт все такие ссылки без проблем