Ух. развели-то!
Про дефрагментацию NTFS уже столько всего понаписано-понаговорено.
Вот тут:
http://www.mtu-net.ru/pinetar/dm/comp_ntfs_frag.htm
Хорошо про это написано.
Кратко скажу - Или дефрагментировать регулярно, или лучше вообще с этим не заморачиваться, потому что от дефрагментации NTFS лучше не становится (читайте статью).
Ибо до дерагментации было много небольших участков свободного места, а после получается -большая дырка в конце и много-много маленьких в начале диска. И естественно, что первыми будут заполняться эти маленькие дырки, а не большой кусок в конце!