Сравнивать FAT32 с NTFS - всё равно, что "Запорожец" с "Мерсом", да ещё гипотетически продающиеся по одной цене
Понятно, в каких-то случаях FAT32 будет предпочтительнее, но в наше время таких случаев как-то почти не осталось.
А на счёт NTFS после конвертации - у меня проблем со скоростью не было. Дефрагментация там не фатальная, а WinXP после конвертации всё равно ставится уже на NTFS, так что системные файлы все оказываются дефрагментированными.