Искал, честное слово.
В моей ситуации справился только старенький DiskEdit - панацея от всех бед. Стандартные сканеры, да и Norton Utilites не помогли. Я так подозреваю, что проги воспринимали косячные директории как нормальные (что есть странно), потому и не трогали их.
Кстати, раньше, когда я сталикавался с подобной проблемой, действительно помогало или удаление через командную строку, или простое переименование с последующим удалением. Так что, если не помогают эти 2 варианта, перезагружайтесь с дискетки (помимо прочего, это позволит удалить все файлы, занятые какими-либо процессами) и вперед DiskEdit'ом работать
Все вышесказанное справедливо для FAT... с NTFS у меня таких глюков не было пока, поэтому точно не знаю, чем там править.