ryfm
Я сделал также, тока dotnetfx с двумя апдейтами расспаковываю в папку {tmp} потом запускаю (сетап ждет) после завершения установки ДотНета и апдейтов завершается основная установка и файлы удаляются из временной директории.
Проверку на наличие уже установленного ДотНета можно сделать, но зачем? если он сам делает эту проверку