В передах одного сайта - никак. В пределах сервера - apache
erchild,suexec; php:safe_mode,disabled_functions
Хотя если есть хорошие права на сервере, то можно сделать некий sandbox: создать отдельный vhost и в нем обрабатывать все include операции, после чего с основного сайта брать уже статические (html/txt) включения.