А в чём, собственно, проблема? Используй в (любом) инсталляторе (хоть WinRar SFX) относительные пути (прописаны в переменных окружения).
Например, %WINDIR% - папка c:\Windows (или c:\WinNT)
%ProgramFiles% - c:\Program Files и т.п. (если, конечно, система стоит на c:
).
Полный список переменных окружения с их значениями можно получить, введя в консоли команду set без параметров.