[Ghost]

Переменная окружения %username% содержит имя текущего пользователя. Команда goto user%username% указывает, что нужно перейти к метке :user%username%, т.е. если имя текущего пользователя - Administrator, к метке - userAdministrator. Ставим эту метку и за ней записываем команды для этого пользователя, а в конце - goto end - переход на метку, стоящую в конце программы, чтобы не выполнялись команды, предназначенные для других пользователей.
В принципе можно сделать так: в файлы %username%.reg (т.е. admin.reg, guest.reg, user1.reg и т.д.) помещаешь настройки реестра для каждого пользователя, а потом автозагрузку помещаешь вызов команды regedit.exe /s %username%.reg (т.е. фактически regedit.exe /s admin.reg, regedit.exe /s guest.reg, regedit.exe /s user1.reg и т.д.).