Да, делаешь её главной. Файлы header.php (и т.д.) генерируют содержание шапки (...), т.е. header.php может выглядеть так:
PHP код:
<?php
echo '<html>
<head>
<title>Заголовок</title>
</head>
<body>
<h1>Это шапка</h1>
';
?>
С шаблонами не всё так топорно
