А откуда такая острая необходимость писать на ntfs? Вообще-то, это закрытая файловая система, спецификации которой МС еще никому не открывали. А реверсинг журналируемой фс - дело весьма нетривиальное, так что, имхо, глюки тут вполне ожидаемы. Нужно перекинуть данные из линуха в винду - делаем небольшой фат-раздел и через него все кидаем, надежно и просто, и не надо потом волосы на лобке рвать из-за угробленного нтфс-раздела.
Насчет usb. Есть два варианта опроса usb-устройств, один из них ("старый") рекомендован USB Implementors Forum, другой ("новый") используется Microsoft. В ядрах до версии 2.6.10 используется "старый" метод, но начиная с 2.6.10 по умолчанию используется microsoft-вариант. Нормальные устройства, ессно, должны работать в обоих случаях, но так было бы скучно, посему некоторые девайсы глючат. В качестве варианты лечения можно попробовать добавить в /etc/modprobe.conf (или аналог в твоей системе) следующие строки:
options usbcore old_scheme_first=y
options usbcore use_both_schemes=y
Первая включает использование по умолчанию старого варианта работы с усб-устройствами, вторая разрешает использование обоих вариантов (если первый не удался - пробуется второй).
У меня был usb neodio card reader, ему это помогло - стал работать стабильно.
Если не поможет - то смотри, что dmesg показывает при подключении сканера, возможно, это укажет на причины ошибок.
Теперь насчет шрифтов. Можно подключить виндовые шрифты в линуксе, причем это достаточно легко делается. Вот
здесь лежит руководство по этому процессу для Gentoo Linux, думаю, адаптировать его к твоей системе труда не составит.