Использую RegSupremePro. Быстро работает, сделана добротно и, главное аккуратно. Когда-то пробовал NBG Clean Registry, но вычистив с его помощью лишнего
отказался от нее. Еще смотрел в System Mechanic Pro - вроде ничего, лишнего не чистила ... С учетом того, что систему не переустанавливаю годами, могу предположить, что большинство этих утилит все же требуют определенной осторожности от пользователя.