Ну присваивать компаниям еще дополнительные номера - это удобно, но вроде не очень приветствуется примерными программистами

Хотя это не плохой вариант. Но я бы прямо в PHP выполнил несколько запросов:
SELECT from <table> where company=company01
Select from <table> where company=company02 и т.д. А если company01 и company02 будут значениями какой-нибудь переменной вроде: $company="company01"; $sql="SELECT from <table> where company=" то в процессе программы придется менять только $company а запрос будет выглядеть как mysql_query($sql.$company) (точно функцию mysql_query не помню, может не так пишется...).