В общем случае для ортогональной проекции сферической модели программы в вакууме на неизвестную ОС - невозможно.
В частности - для программ, которые запускаются в внешнего носителя и ничего не пишут в систему - отчасти возможно. Придётся только следить чтобы "лишние" программы не запускались одновременно со скрываемой.
Если же программа запускается с LiveCD/LiveUSB, то основная система засечь такую программу не сможет, ибо нигде с ней не пересекается.