Для начала нужно пройтись сканерами диска,можно штатным scandisk но лучше чем нибудь типа norton utilitis. Если сканеры ничего не исправят,то попробовать загрузиться с какого нибудь Live CD (winPE или Winternal ERD Commander) и попробовать удалить оттуда - идеальный вариант - грузимся под Knoppix - монтируем и удалаем.
)