[Plague]

как раз вопрос обратный: зачем тогда вообще поддерживается система deb-src если на выходе у нее получается тоже самое что и в пакетах?? Начальников пугать? согласен, тоже фича полезная: зарядил на компиляцию что-нить типа OpenOffice, и можно с умным видом двое суток пиво пить возле терминала.
А как раз компиляция из сорсов и подразумевает то что, как уже сказано выше: например, в бинарниках PHP идет mysql Client API version 5.0.51, а mysql у меня стоит 5.1.34. Вот для того и должна служить возможность сборки from source дабы иметь возможность скрестить их. А так же для того чтоб иметь возможность внести какие-то другие изменения, и при этом чтоб все это хозяйство стало частью системы, а не было "прикручено проволокой сбоку", как это получается при компилении руками.
Повторяю, в БСД это рулится совершенно прозрачно. Не верю, что нет такой возможности здесь. Иначе действительно смысл src сводится только к пуганию начальников.