Очищать реестр рекомендуется время от времени. Некоторые люди периодически все сносят и устанавливают заново, для профилактики.
Однако можно изпользовать программы. Самому лазить не нужно. Программа знает какие данные нужно удалять, а какие нет. Можно конечно самому в ручную, но это долгая и нудная работа. Тем более не все значения в реестре текстовые. Есть в двоичном и десятичном формате. "Невооруженным глазом" такие данные не обнаружишь. Реестр вообще не создан для того что бы в нем копались обычные юзвери. В основном это машинно-ориентированная система, созданная для того что бы программы хранили и имели доступ к данным. Соответсвенно эти данные в большинстве понятны только программам, ну может каким нибудь хакерам
Для очистки можно например использовать JV16 Powertools, бесплатная программка (поищи на Гугле), у меня например в свое время стоял Norton Utilities 2001, там программка в пакете была такая Norton Registry Doctor. Неплохая... В общем выбор есть. А вообще зайди на download.com, строке Search впиши registry, или registry clean, или что-то в этом роде, нажми Enter, и он тебе целую кучу программ даст на выбор. Маленькие и большие.
Удачи