Как заставить часы отстовать
 

Можно как-нибудь сделать, чтобы часы Linux-сервера отставали на пару минут даже после синхронизации через Интернет?

Переписать код ядра ))) .... зачем тебе это? используй синхронизацию каждый день через crontable и часы будут идти правильно....

Дык попробуй date запускать после... и время править сразу же %-)