Чем "склеить" изображения?
 

Нужно в (полу)автоматическом режиме склеить разные части изображения в единое целое, т.к. оригинал в А3, но будет сканироваться на А4 сканере.

Надо что-то, что может, не искажая сами изображения, попиксельно соединить разные куски. Возможно в виде плагина к Фотошопу.

Программы типа Panaroma Factory не подходят, т.к. слишком сильно модифицируют изображения, пытаясь выстроить широкий горизонт...

Буду благодарен за любые советы и конкретные программы.

Попробуй Photostitcher Plugin for ACDSee.