Проблема на сервере
 

Никто не знает почему может сайт на domain.com нормально грузиться, а на www.domain.com, если включен у меня на компе апачь, то грузиться корень моего апача, а не того что на сервере. При этом если выключу апачь, то грузится с сервера как надо.

Может по тому, что апач localhost на себя переписывает.

Проверь все алиасы в настройках апача, посмотри имена виртуальных хостов, а также глянь файл локальных хостов (hosts).
А вообще какая операционка-то, хоть?

И еще убедись, что www.domain.com и domain.com указывают на один и тот-же IP адрес.