Какие проги изпользуете для сканирования
 

кроме FineReader

Я - только Photoshop

abbyScanToOffice, классная штуковина.

Смотря что надо на выходе получить:
Если текст - Finereader
Если Графику - Photoshop
Если PDF - Acrobat
Чертежи - ScanCAD
и т д
Вопрос немного некорректно поставлен, для каких задач прога нужна?

А ещё софт, который идёт вместе с самим сканером.

Twain драйвер сканера, конечно... :)
Или ты имеешь ввиду проги для обработки отсканированного?

Если текст ReadIRIS Pro
Если гафика Photoshop

для гарфики - ACDSee 7
для текста - abbyy Fine reader 7, также есть abbyy scantooffice, но мне по душе файнридер, так как там удобнее ИМХО
ну и твэйн драйвер конечно :)
в других пока не нуждаюсь

Хочу атсканировать книгу и сохранить в формате PDF,Finereader после сканировония проверяет и некоректпо отображает

Странна тема :) Автор, ты определись,- сканировать или сделать OCR ?
под линуксом пользовался vuescan, а так - чем удобней в настоящий момент, как правильно это или фотошоп, или утилита шедшая с драйвером (чтоб 4-е кнопки на сканнере работали).

Что значит некорректно? Язык другой, ориентация страницы или еще что-нить?
Я например с помошью FineReader уже много книг в PDF перегнал. Никаких проблем не возникало...

А разрешение установлено достаточно высокое? А то у многих программ "по умолчанию" только 150 DPI.