На сайте MS не говорится о различных версиях dotnetfx.exe для разнвх версий Windows.
Если ты пишешь на VS.NET 2003, то используется .NET Framework 1.1 (сейчас уже есть SP1 к нему). .NET Famework 2.0 используется в VS.NET 2005. Кстати .NET 2.0 не заменяет 1.1! Программы откомпилированные под 1.1 не будут выполняться с 2.0 и наоборот. Но .NET 1.1 и 2.0 могут прекрасно сосуществовать на одной машине.
Опыта установки .NET Framework на W98 у меня нет, т.к. уже много лет не использую эту версию Windows - забыл как страшный сон
Так что чтобы разобраться с проблемой - от тебя требуются сообщения, которые позникают при установке .NET под W98.