Скорее всего не связанно с дистрибутивом (т.е Красная Шапочка или Зелёный Хамелеон) а с XFree .Альт-Шифт в конф. файле XF86Config (xorg.conf) определяется. Можно с командной строки попробовать протестировать (учитывая,что в конф. файле XF86Config (xorg.conf) все чисто).Тут есть примеры:
http://www.xfree86.org/current/XKB-Config2.html
Но вообще,если мышкой переключается,то наверно глюк ХFree86 какой-то.После альт-шифта интереcно что пишется (если пишется вообще) в /var/log/messages