нет, память НЕ через pci работает. в современных чиспетах она работает с северным мостом, поддержка pci реализуется мостом южным.
bus master - это работа устройств на шине pci в обход цп и реализуется он на уровне драйверов (поддержка этого режима на уровне железа - само собой разумеется). драйвера под 98 и экспи, все же, пишутся одной конторой и реализуют один мехнизм работы, пусть и разные ядра у систем.
проблемы тайминга (а кто сказал, что это проблемы?
) решаются на уровне железа - если данные не успевают подкачиваться (из-за медленности периферийного устройства), процессор простаивает. сам по себе. другое дело, что энтёвое ядро останавливает процессор, если для него нет работы - но речь не об этом.
со страницами - да, ядра работают по-другому. в смысле, по-разному решают, какая из страниц нужна, а какую можно выгрузить. процессор все равно работает в одном и том же режиме, и адресация одна и та же.
короче, память либо работает, либо вообще не работает - хоть какие драйвера ставь. если memtest считает, что все нормально - скорее всего, так и есть. если криво работает железо, то виновата не память.
если тормоза в системе - возможно, дрова какие-то криво стоят. или программы.