неее... чтой-то тут не так... поясни свою мысль, желательно с примерами и/или ссылками.
при чем тут pci? эта аббревиатура означает peripheral component interconnect и связана именно с периферийными устройствами. при чем тут оперативная память? да, спецификация pci предусматривает прямое обращение устройств к памяти, в обход цп. но трансляцию адресов обеспечивает операционная система вкупе с возможностями процессора. это они поддерживают страничную структуру виртуальной памяти. этим занимается ядро системы, а не драйвера. без bus mastering'а вполне можно обойтись - зря ты его вспомнил. он обеспечивается на уровне дров и возможностей железа.
в общем, черта лысого две системы работают по-разному из-за памяти. она или работает, или нет. бывают и плавающие ошибки, но им подвластна любая система. обе системы работают с железом через те же ресурсы - через диапазоны адресов ввода-вывода, через прерывания, через каналы дма. используются АБСОЛЮТНО одинаковые возможности АБСОЛЮТНО одинакового железа, писаны они одной и той же компанией. только 98-ая использует старую архитектуру - включает и 16-битный код, а энтя - чисто 32-битная система, писанная с нуля (ну, почти :shuffle

, хорошо продуманная архитектура. и все отличия у них - чисто программные.