windiff - из Support Tools win2k
Есть платная утилита - Compare It!
Можно покопаться здесь :
http://directory.google.com/Top/Comp...rison/Windows/
Однако, если ты пытаешься сравнить работающий диск с операционной системой, могут быть напряги ибо часть файлов держаться открытыми.