[Werw0lf]

Решение обеих проблем найдено, если кому интересно, то вот:

1. При создании swf ролика нужно выставить:
Local Playback Security - ACCESS NEWTWORK ONLY (Flash8 Pro). В этом случае ссылки из ролика будут работать не только, если его запускать Flash плеером, но и если его внедрить в html страницу.

2. Вторая проблема более глобальная, т.н. проблема 912945.
10 апреля 2006 г. Microsoft выпустила Обновление ActiveX для Internet Explorer . Данное обновление изменяет способ обработки обозревателем Internet Explorer веб-страниц, содержащих элементы управления ActiveX. Подробней здесь _http://support.microsoft.com/kb/912945/
Решение данной проблемы уже найдено. Теперь нужно внедрять в html страницу swf ролики другим способом, на основе Javascript FlashObject.
Подробно описание решения здесь, там же качаем скрипт: _http://blog.deconcept.com/flashobject/#examples
Я попробовал и подтверждаю, всё работает и при открытии страницы с flash анимацией теперь нет этих дебильных серых рамок, всё отображается корректно без всякого подтверждения и кликов.