Сталкивался с такой же проблемойй - решения на тот момент не нашел, но думаю в php.net можно вчтавить количество оперативки отдаваемой под перл, просто это количество нужно увеличить....либо если хостишся - то попросить хостера увеличить.
По поводу альтернативных методов: есть такая вещь __http://php.rinet.ru/manual/ru/ref.image.php - очень неплохая библиотека по работе с различными графическими файлами - посмотри, может и найдешь в ней то, что тебе нужно
