[Saruman]

php-скрипт генерирует ява-скрипт на странице, который, в свою очерень, при запуске в браузере генерит меню. Либо, т.к. в итоге ты получаешь обычный список:
<ul>
<li><a...>...</a></li>
</ul>
то можешь сразу его и сгенерить, минуя этап с яваскриптом.