Предлагаеся забекапить систему (создать образ С
и закинуть на D:.
На C: поставить Винду с полным форматированием и безо всяких неро и деймонов и при подключенном сидюке проверить скорость загрузки и режимы передачи в Дополнительных параметрах Каналов IDE Диспетчера устройств. И отсюда уже плясать.