[KomatoZo]

1) Внутреннее имя можете брать вообще любое. Единственное, что рекомендуется всеми без исключения: сделайте так, чтобы оно 100% никогда не пересеклось с чьим-нибудь публичным доменом. То есть берите внутренний домен хоть Microsoft, но прибавьте к нему .local или .msft или что-нибудь в этом роде.
2) Можно. Одно к другому не привязано никак.
3) Несложно. ДНС настроить, а дальше все зависит от конкретного сервера.
4) Exchange. Без вопросов, ИМХО. Очень здорово интегрируется в AD, фактически разработан для работы с ней. А если точнее, то AD срисована с Exchange. То есть вместе оно работать будет замечательно и сократит расходы труда на свое содержание до минимума. Это, разумеется, при условии, что Вы знаете как с ним работать.