[Drakosha]

Если нормально написан makefile то будут компилироваться только измененные файлы. Но, как ты правильно сказал, это не поможет при первой компиляции.
Попробуй убрать зависимости, т.е. #include которые не нужны. Постарайся использовать forward declarations (class A; ) вместно них где можно.

П.С. кстати в make есть флаг -j <x> где <x> - кол-во паралельных компиляций. Если комп сильный, то можно попробовать -j 2 или -j 3