[KomatoZo]

Я имел в виду уязвимости в ПО, а не те, которые возникают вследствии передачи данных. В последнее время уязвимостей, связанных с мессенджерами стало очень много. В том числе верно это и для Skype.
Кроме того, шифрование Skype невозможно (кажется, поправьте, если не прав) контролировать на уровне организации. То есть через шлюз в итоге идет траффик, который мы проконтролировать не можем. Это тоже минус.
Хотя, разумеется, очень правильно замечено, что лучше Skype, чем ICQ.

e-mail нельзя пока отменить потому что уж слишком он "въелся" в инфраструктуру Его проще контролировать. Skype как именно мессенджер - пока еще не является именно "необходимым". И контролировать его пока, увы, я средств не знаю.