Формат от Винды, чистит фат и проверяет поверхность диска, если запускать без специальных параметров. А родная утилитка чистит только фат таблицы диска. Эта операция и должна занимать не более 5-10 секунд. Так что в принципе, что бы быть полностью уверенным в диске, форматируй виндовым форматом.
ХР и 2000 прописывают свой загрузчик в загрузочный сектор, возможно по какой-то причине он записался не коректно. В принципе проблема должна решатьтся fdisk /mbr - Перезаписью Мастер Бут Рекорд.
Нортон Гост для того и существует чтобы копировать, переносить и т.д. и т.п. информацию с диска на диск, а на счет кластеров и цилиндров это его внутренняя проблема (забота, работа).
А коли все работает, то не трож руками !!!!!!!!!

))