Можна
с юникс машин доступаешся на свой терминальный сервер через rdesktop
далее делаеш образы тех всех своих контрольных дискет.
а дальше в виртуальний флопик суеш образы(етому правда сотрудников придетса научить

)
прога для деланья образов FloppyImage занимает ~200к
для вируального флопика Virtual FD Control Panel ~200k
если нормально настроить то должно работать

(если клиент-банк жестко не спрашивает а: или в: а позволяет указать дисковод)
у меня правда все со своих доступались, но думаю что на одной машине тоже можно провернуть ето.