У меня была недавно такая же проблема. Определил по логам, что тормозят 3 процесса: 2 относились к MS Activesync и 1 к ATI Catalyst. Если их снести, то все было нормально в смысле времени выключения, но для меня не совсем работоспособно
В итоге format c: и переустановка, восстановил конфигурацию и все ОК.
Подозреваю, что эффект мог быть результатом того, что я удалил пользователя ASP.NET со всеми файлами. Эта учетная запись появляется после установки .NET ... после переустановки .net'a не появлялась. Возможно в этом дело, т.к. по крайней мере Catalyst .Net требует для работы.