Есть такая прога -
Equation Illustrator. Прога старая (2004 г.) и больше не разрабатывается, но с этой страницы еще можно загрузить (если сервак не будет в дауне). Это бесплатный вариант; на той же странице указана ссылочка на платную шароварную версию, гораздо более новую. В общем, разработчики утверждают, что это скорее не прога для рисования уравнений, а графический редактор, хорошо подходящий для изображения уравнений. Уравнения любые - математические, химические и т.п. Для отображения химических уравнений можно использовать специальный шрифт с символами таблицы Менделеева. Только, понятное дело, просмотреть эти символы на другом компе, где нет такого шрифта, уже не удастся.