Прошелся по диску mhdd c опцией erase wait и после этого стук прекратился даже при обращении к "плохим" файлам. Просто теперь с такими файлами ничего нельзя сделать (не удалить, не переименовать).
думаю это можно будет исправить с помощью chkdsk.
Порадовала скорость работы - 200 гигов проверились всего за 1 час
.