[Saruman]

(Сразу пометка: говорю, как это работает в Gentoo, в Debianе возможны отличия).
alsa позволяет сохранять свои настройки в файл и восстанавливать их после ребута. Если не восстановить - запустится с отключенным звуком. Для указания необходимости восстановления есть специальный параметр в /etc/conf.d/alsasound, также можно сохранить/восттановить настройчки через init-скрипт путём
/etc/init.d/alsasound save
/etc/init.d/alsasound restore
Этот скрипт фактически вызывает alsactl с соответствующими параметрами:
alsactl -f "{$alsastatedir}/asound.state" store
alsactl -f "{$alsastatedir}/asound.state" restore
Ну и плюс там ещё некоторые настройки. Полагаю, в этом направлении и нужно смотреть - сохранение/восставновление настроек ALSA при ребуте.