Alex Dark, еще один момент. я правда на эту тему не экспериментировал, но склонен верить хэндбуку (либо на диске документации FreeBSD (/usr/share/doc/ru_RU.KOI8-R/books/handbook/install-steps.html), либо
тут) - ей безразлично что ты нарулил в БИОСе. для нее первый диск все равно будет тот, который стоит мастером на IDE0, а не тот, который ты поставил загрузочным в биосе.