Я так предполагаю, что был убит реестр. Ну, не совсем убит, но ранен
Видимо, загружаясь поочерёдно с дисков C: и F: (назовём его так, чтоб понятно было, о чём речь) несколько раз, на диски D: и G: вносились какиё-то изменения, что и фиксировалось в реестре одной системы, находящейся на, допустим, C:, оставаясь неизменным (пока) в реестре системы на F:. Вообще-то, WinNT при подключении второго физического диска всегда присваивает первому основному разделу букву D. Так что выход и этой ситуации - разбивать второй физический диск только на логические разделы. При необходимости же установки системы в один из этих разделов он с лёгкостью преобразуется в основной.