[BorLase]

ну, все не так уж плохо
делаешь таблицу с тремя полями - ID, USERID, DATA - и выбираешь только то, что относится к конкретному юзеру

запрос стоишь не цепляя строки в IN, а записывая в темп-таблицу

т.е. что-то типа
SELECT * FROM mytable WHERE My_Nr IN (select ID from TEMP_TABLE where USERID=###)

потом, ессно, после отработки запроса ее чистишь

или же, для простоты душевной, создаешь для каждого юзера свою таблицу, потом дропаешь; правда, как это на скорости скажется - не скажу