Никакие дополнительные средства не нужны - достаточно наличия любой Windows из NT-линейки (NT3.5x/NT4/2000/XP/2003/Vista/2008).
Код:
for /R "c:\исходный каталог" %N IN (*) DO xcopy /Y "%N" "d:\каталог назначения"
Осторожно! Если указать /Y, то не будет выдаваться запрос на перезапись существующих файлов.
Если есть уверенность, что файлов с одинаковыми именами нет - /Y можно опустить. Но тогда если всё-таки попадутся одинаковые имена - команда будет ждать подтверждения на перезапись.
Для использования в пакетном файле вместо % необходимо подставить %%.
Вместо * можно использовать другую маску файла (например *.zip).
Естественно, оба каталога должны существовать...
Кроме того, использование команды xcopy позволяет довольно значительно изменять логику обработки файлов и их отбора...