Лана, физик! Я в этом вопросе не силен, но верю Морфиусу.

Агент - модуль. Он должен уметь мыслить, иначе не смог бы охотиться за людьми. Это надо понять. Это робот, существующий в Матрице.
---
Сон и Матрица разные вещи. В первый раз Нео был не в Матрице, а в загрузочной программе из которой можно просто уйти.