Можно попробовать по адресу HKEY_LOCAL_MACHINE -> SOFTWARE -> Microsoft -> Windows NT -> CurrentVersion -> Winlogon выставить ключ PowerdownAfterShutdown равным 1.
Вообще-то это совет для Win2000, но я так делал на 98SE, помогает.
Рекомендую сходить на
http://www.chem.univ.kiev.ua/~adsh/win2k/
Там можно скачать Win2k FAQ в .chm или .html формате.
Некислая такая фишка по всяким мелочам для виндов.